Добрый день.
Вопрос с оплатой дополнительных и необходимых работ поднимался в том числе в п.12 Обзора Президиума Верховного Суда России от 28 июня 2017 г. «Обзор судебной практики применения законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»
Суд удовлетворил требование об оплате согласованных с заказчиком дополнительных строительных работ по государственному контракту, отметив, что следует учитывать специфику отношений, складывающихся в сфере строительства, которая уже в силу своего существа создает возможность выявления в ходе исполнения обязательства дополнительных работ и в связи с этим обуславливает приоритетное необходимость применения норм статьи 743 ГК РФ наряду с положениями Закона о контрактной системе.
В соответствии с пунктом 3 статьи 743 ГК РФ подрядчик, обнаруживший в ходе строительства не учтенные в технической документации работы и в связи с этим необходимость проведения дополнительных работ и увеличения сметной стоимости строительства, обязан сообщить об этом заказчику и обосновать необходимость немедленных действий в интересах заказчика.
В силу пункта 5 статьи 743 ГК РФ при согласии заказчика на проведение и оплату дополнительных работ подрядчик вправе отказаться от их выполнения лишь в случаях, когда они не входят в сферу профессиональной деятельности подрядчика либо не могут быть выполнены подрядчиком по не зависящим от него причинам.
При этом, с учетом положений статьи 8, части 5 статьи 24 Закона о контрактной системе, увеличение объёма работ по государственному (муниципальному) контракту, в том числе когда такое увеличение превышает 10% от цены или объёма, предусмотренных контрактом, допустимо исключительно в случае, если их невыполнение грозит годности и прочности результата выполняемой работы. К дополнительным работам, подлежащим оплате заказчиком также могут быть отнесены исключительно те работы, которые, исходя из имеющейся информации на момент подготовки документации и заключения контракта объективно не могли быть учтены в технической документации, но должны быть произведены, поскольку без их выполнения подрядчик не может приступать к другим работам или продолжать уже начатые, либо ввести объект в эксплуатацию и достичь предусмотренного контрактом результата.
Исходя из этого следует, что принятие и оплата работ, не предусмотренных контрактом но необходимых для осуществления правомерна и признается судами. Причем в Вашем случае даже не надо выходить за рамки превышения 10% стоимости контракта.
В данном случае я предлагаю увеличить объем работ по контракту на те работы, которые были произведены сверх сметы (на допустимые 10%), но при этом соответственно не выполнить часть предусмотренную изначально. Таким образом официально оформите все изменения и сойдется финансовый результат. Но да, в таком случае придется сначала увеличить стоимость, а затем принять исполнение с меньшей стоимостью
Надеюсь что помог Вам в этом вопросе.