Добрый день.
Отвечу на часть вопроса, которая связана с приобретением строения, которое не оформлено.
Предлагаю максимально подробно описать его в договоре купли-продажи земельного участка, указав, из чего состоит, какая у него конструкция, какие материалы и т.д.
При этом отдельно оценить эту постройку и указать ее цену. Например, за землю Вы заплатите 1 млн. рублей, а за конструкцию, расположенную не ЗУ 300 тыс. рублей. Итого цена договора 1,3 млн. рублей.
Можно заказать оценку земли вместе с тем, что на ней расположено, чтобы зафиксировать рыночную стоимость.
Также рекомендую сделать фотографии и сделать их приложением к договору купли-продажи.
По вопросу о материнском капитале рекомендую сделать следующее. Составить проект договора купли-продажи по описанному выше сценарию и показать проект специалистам в Пенсионном фонде или обсудить с ними устно.