Может ли начальник отдела запрещать сотрудникам пользоваться телефоном, если этого запрета в компании нет?

Добрый день.

На основании ст. 8 ТК РФ работодатели могут принимать локальные нормативные акты, содержащие нормы трудового права, в пределах своей компетенции в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективными договорами, соглашениями.
Работодатель  может запретить использовать на рабочем месте мобильные телефоны. 

Однако работодатель должен ознакомит Вас с таким актом под роспись, Вы можете взять копию этого акта и уточнить у вышестоящего руководства, даны ли Вашему начальнику такие полномочия. В письменном виде, конечно.