Добрый день Сергей Александрович!
Не вполне понятно из обстоятельств, указанных в Вашем вопросе, что намерен предпринять заказчик.
Имеет ли право заказчик выставлять пени, если поставки по факту не было,
Имеет, если применение мер ответственности является следствием ненадлежащего исполнения обязательств исполнителем в рамках договорных отношений (контракт — это договор).
обеспечение контракта заказчик взыскал, но требует и оплатить пени,
удержание обеспечения исполнения контракта правомерно только в том случае, когда сумма обеспеченных неисполненных денежных обязательств исполнителя (например по оплате неустойки) эквивалентна сумме обеспечения исполнения контракта.
К сожалению в судебной практике имеются случаи, когда суд рассматривает ОИК как залог и, при наличии соответствующего права заказчика в контракте, признает правомерным такое полное удержание.