Здравствуйте, Владимир.
В соответствии со статьей 220 Налогового кодекса РФ, при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц при продаже недвижимого имущества вы имеете право на применение имущественного налогового вычета в размере фактически произведенных расходов на приобретение квартиры.
То есть, налогом будет облагаться только доход в части, превышающей произведенные расходы (1 млн. руб)
Статья 220. Имущественные налоговые вычеты
1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:
3) имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;