Добрый день, Владимир!
Скорее всего, что у Вас объект незавершенного строительства и жилой дом являются разными объектами недвижимости, имеющими разные кадастровые номера.
После достройки дома объект незавершенного строительства прекратил своей существование и возник новый объект недвижимости — жилой дом.
Это подтверждается Письмом Росреестра от 09.09.2013 № 09-исх/08271-ВАн/13:
Учитывая приведенные нормы Закона о кадастре, в отношении объекта недвижимости, строительство которого завершено, должна осуществляться его постановка на государственный кадастровый учет как соответственно здания или сооружения (с внесением в государственный кадастр недвижимости в том числе предыдущего кадастрового номера — кадастрового номера объекта незавершенного строительства) с присвоением такому зданию или сооружению нового кадастрового номера.
Снятие с учета преобразуемого объекта недвижимости (то есть объекта незавершенного строительства) осуществляется без заявления в течение трех рабочих дней с даты государственной регистрации прав на образованный из такого объекта недвижимости новый объект недвижимости (здание или сооружение) (часть 3 статьи 24 Закона о кадастре).
Таким образом, отсчитывать срок владения жилым домом начиная с момента регистрации права на объект незавершенного строительства не представляется возможным.
Чтобы уменьшить сумму налога при продаже дома, Вы вправе уменьшить сумму продажи на имущественный налоговый вычет по ст.220 Налогового кодекса РФ в размере 1 млн. руб. или вправе уменьшить сумму продажи на сумму расходов на приобретение/строительство дома и земельного участка, и с получившейся разницы заплатить налог.
С уважением, Роман Артемьев