И куда обращаться с данным вопросом?

Это скорее всего кадровая ошибка, такая путаница возникает часто, так как войсковые части подают неверные сведения в ГУК. Но, в любом случае, Вас обязаны были поставить на должность, так как Вы назначены приказом Министра обороны. Офицера, который стоял на Вашей должности, должны были перевести на иную равнозначную должность, а Вас поставить на нее. Поэтому, Вам можно обратиться для начала в ГУК, для разъяснения данного вопроса, а также в органы военной прокуратуры, для того, чтобы военный прокурор вынес представление в адрес командира войсковой части о восстановлении Вашего нарушенного права.

Приказ Министра обороны РФ от 30 октября 2015 г. N 660

14. Выпускники военно-учебных заведений (за исключением назначаемых на воинские должности указами Президента Российской Федерации, зачисляемых в распоряжение командиров (начальников) и направляемых для дальнейшего прохождения военной службы в другие федеральные органы исполнительной власти, в которых законом предусмотрена военная служба) назначаются:

на воинские должности офицеров — приказом Министра обороны Российской Федерации по личному составу;