Здравствуйте.
В данном случае все зависит от позиции судьи: если судья формалист («буквоед», если хотите), то от возмещения госпошлины он не освободит.
Дело в том, что согласно пункту 1 статьи 107 Кодекса административного судопроизводства РФ инвалиды II группы освобождаются от возмещения судебных издержек. По смыслу же части 1 статьи 103 государственная пошлина входит в судебные расходы вместе с издержками, то есть к самой категории «издержки» не относится.
Если же суд будет использовать телеологическое толкование (по цели введения соответствующей нормы), то безусловно придет к выводу о необходимости освобождения от возмещения государственной пошлины.