Здравствуйте Артур!
В соответствии с пунктом 16 Положения о порядке прохождения военной службы (далее — Положение) (https://base.garant.ru/180912/):
Предоставление отпусков военнослужащему осуществляется с таким расчетом, чтобы последний из них был использован полностью до дня истечения срока его военной службы.
При невозможности предоставления основного и дополнительных отпусков до дня истечения срока военной службы они могут быть предоставлены военнослужащему при его увольнении последовательно, без разрыва между отпусками. В этом случае исключение военнослужащего из списков личного состава воинской части производится по окончании последнего из отпусков и после сдачи военнослужащим дел и должности.
Вместе с тем, из ответа командира войсковой части 23641 следует, что отпуск Вам будет предоставлен:
пропорционально прослуженному времени в установленные сроки до момента увольненияс 28 июня 2020 г. (выделено мной)
Таким образом, нормами Положения допускается предоставление отпуска в год увольнения с расчетом, что его окончание будет после даты окончания контракта.
При этом, командиром войсковой части 23641 конкретная дата предоставления Вам отпуска не указана.
Полагаю, что с учетом позиции отдела кадров в день истечения срока контракта Вы не будете исключены из списков части. В этот момент будете находится в отпуске.
С учетом изложенного, в действиях должностных лиц воинской части будут нарушения законодательства о порядке прохождения военной службы в том случае, если объективных причин препятствующих использованию Вами отпуска до дня истечения срока военной службы не было.
При обращении с жалобой в военную прокуратуру должностные лица могут быть привлечены к дисциплинарной ответственности, а командованию указано о недопустимости нарушений и их устранение. Кроме того, учтите время необходимое для проведения прокурорской проверки (30 дней). Есть риск, что к моменту ее окончания отпуск Вам уже предоставят, приказ об исключении будет издан.
Но в Вашей ситуации есть и плюсы — получите денежное довольствие за время нахождения в отпуске после окончания контракта.
С уважением.