Что лучше: жить с семьёй в отдельной хорошей квартире 54кв

Здравствуйте,  Алексей.

Не включать в состав семьи своего ребенка Вы не сможете. Он является членом Вашей семьи.

Федеральный закон от 27.05.1998 N 76-ФЗ
(ред. от 08.06.2020)
«О статусе военнослужащих»

Статья 2. Граждане, имеющие статус военнослужащих

К членам семей военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, на которых распространяются указанные социальные гарантии, компенсации, если иное не установлено настоящим Федеральным законом, другими федеральными законами, относятся:
(в ред. Федерального закона от 22.08.2004 N 122-ФЗ)

супруга (супруг);
несовершеннолетние дети;
дети старше 18 лет, ставшие инвалидами до достижения ими возраста 18 лет;
дети в возрасте до 23 лет, обучающиеся в образовательных организациях по очной форме обучения;

лица, находящиеся на иждивении военнослужащих.

В данной ситуации Вы можете, получив согласие опеки и попечительства продать или подарить долю ребенка и через 5 лет претендовать на жилье (субсидию) на весь состав семьи, если жилье ребенка не получено от государства.

Либо, Вы можете развестись с супругой и место жительства ребенка определить соглашением, которое лучше удостоверить нотариально, с бывшей женой.

После чего уже можете получить жилье (субсидию) только на себя. 

С уважением!  Г.А.  Кураев

Здравствуйте, Алексей! Многое зависит от регистрации. Если ребенок с Вами не зарегистрирован (и допустим, не проживает — условно, конечно), то его признавать в составе своей семьи не следует, т.к. обеспечение жилым помещением или субсидией идет на членов семьи СОВМЕСТНО ПРОЖИВАЮЩИХ  с военнослужащим, согласно статьи 15 Фз-76:

При признании военнослужащих-граждан нуждающимися в жилых помещениях и предоставлении им и совместно проживающим с ними членам их семей жилых помещений либо денежных средств на приобретение или строительство жилых помещений учитываются положения статьи 53 и части 8 статьи 57 Жилищного кодекса Российской Федерации.

Т.е. в Вашем случае надо чтобы ребенок был зарегистрирован, например, по адресу имеемого у него жилья. Возможно. придется искать истину в суде.