Здравствуйте, курсовые работы проверяются по системе антиплагиат.ру, и именно согласно данной системы определяется уникальность курсовой работы, кроме того курсовые работы проходят как правило более глубокую проверку еше непосредственно по внутренней программе. Кроме того, это все частности, если курсовая работа уникальна, она бы была уникальна независимо от алгоритмов проверки. В вашем случае явно есть проблемы, просто одна из программ недостаточно глубинно проверяет текст. Если необходима дополнительная консультация, составление докуметов, пишите в чат, стоимость по договоренности.