В какие органы следует обратиться с жалобой либо заявлением на данного руководителя?

Добрый день

Во-первых, Вы в принципе не должны были платить 

Даже если Вы являетесь материально ответственным лицом, то привлечение Вас к материальной ответственности имеет строго определённую процедуру, в ходе которой должна быть установлена Ваша непосредственная вина

ТК РФ Статья 247. Обязанность работодателя устанавливать размер причиненного ему ущерба и причину его возникновения

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Если же деньги уже заплачены, Вы можете обратиться с жалобой в трудовую инспекцию, которая по Вашему заявлению проведёт проверки и привлечёт работодателя к ответственности

ПРИКАЗ от 13 июня 2019 года N 160 Об утверждении Административного регламента осуществления Федеральной службой по труду и занятости федерального государственного надзора за соблюдением трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права

90. В соответствии с требованиями части 4 статьи 1, части 2 статьи 10 Федерального закона N 294-ФЗ, части 7 статьи 360 Трудового кодекса Российской Федерации основаниями для проведения уполномоченными должностными лицами Роструда и его территориальных органов внеплановой проверки соблюдения юридическим лицом, индивидуальным предпринимателем, физическим лицом, не являющимся индивидуальным предпринимателем, обязательных требований являются:

поступление в Роструд или его территориальный орган:

обращения или заявления работника о нарушении работодателем его трудовых прав;

Добрый день. Вы можете обратиться в госинспекцию по труду в связи с совершением им правонарушения (ст. 5.27 КоАП РФ)

https://git50.rostrud.ru/

Но встанет вопрос о доказательствах того, что он Вас заставил это сделать

Какие доказательства у Вас есть?