Здравствуйте Ольга!
В соответствии со ст. 421 ГК РФ стороны (граждане и юридические лица) вправе заключать любые договоры и на любых условиях, не противоречащих действующему законодательству.
Для чистоты сделки запросите выписку из ЕГРН в Росреестре (ст. 62 Федерального закона «О государственной регистрации недвижимости» от 13.07.2015 N 218-ФЗ), в ней будут указаны все ограничения и обременения на объект (аресты, запреты, залоги и т. д.)
Выписку можете заказать как Вы, так и продавец.
По документам сделка может и пройти, но если не было получено разрешений на реконструкцию, то тогда новому собственнику придется обращаться в суд об узаконивании самовольного строительства.