Есть трудовой договор, но я не знал что я должен был отвезти копию трудового договора в фмс и теперь как мне быть что делать?

Сделать это нужно в течение двух месяцев со дня выдачи патента (п. 7 ст. 13.3 Закона N 115-ФЗ).
При непредставлении указанных документов, а также при наличии у миграционного органа информации о том, что иностранный работник фактически не осуществляет трудовую деятельность, и в иных установленных Законом случаях патент может быть аннулирован.

 Вы уже не совершили действие и у вас могут аннулировать патент. Отвезти то можно, но какие последствия я вам спрогнозировать не могу. Формально срок пропущен. Однако в связи с кроновирусом пока решения об аннулировании патентов не выносятся. Более того, всем разрешено работать без них до 15.06.2020 г., а полученные не оплачивать (Указа Президента) Пока работайте, как работали.  Если двух месячный срок предоставления истек в период ограничений, то срок уведомления и предоставления договора продлевается. Это вопрос спорный и прямо не прописан, но фактически это так. Поэтому после начала работы органов МВД РФ по приему договоров (если она была приостановлена), надо представить.