Здравствуйте. Попробуйте подать заявление сейчас. Если выяснится, что организация в нарушение пп. 3 п. 2 ст. 23 НК РФ в установленный срок не сообщила в налоговый орган обо всех обособленных подразделениях со дня их создания, то данное обстоятельство, скорее всего, послужит основанием для ее привлечения к ответственности по п. 2ст. 116 НК РФ (Согласно п. 2ст. 116 НК РФ ведение деятельности организацией без постановки на учет влечет взыскание штрафа в размере 10 % от доходов, полученных в течение указанного времени в результате такой деятельности, но не менее 40 тыс. руб).
Есть другое мнение (Письмо от 27.02.2014 № СА-4-14/3404), указывает: за непредставление сведений о создании обособленного подразделения организация подлежит ответственности п. 1 ст. 126 НК РФ, то есть в виде штрафа в размере 200 руб. Ответственность же по п. 2 ст. 116 НК РФ наступает в случае, если деятельность ведется без постановки на учет самого налогоплательщика.
На практике контролеры зачастую применяют к налогоплательщикам санкции в соответствии с п. 2 ст. 116 НК РФ, в результате чего возникают налоговые споры, которые чаще всего перерастают в судебные.