Но после уходя в отпуск, мне эта зарплата не в входит в средний заработок как я понимаю, если за 12 месяцев

Здравствуйте, Степан!

В средний заработок включаются выплаты только по занимаемой Вами должности.

А работа за начальника оформляется Вам, по всей видимости, как дополнительная работа.

Согласно ст. 60.2 Трудового кодекса РФ:

С письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (статья 151 настоящего Кодекса).
Поручаемая работнику дополнительная работа по другой профессии (должности) может осуществляться путем совмещения профессий (должностей). Поручаемая работнику дополнительная работа по такой же профессии (должности) может осуществляться путем расширения зон обслуживания, увеличения объема работ. Для исполнения обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику может быть поручена дополнительная работа как по другой, так и по такой же профессии (должности).

В силу ст. 139 Трудового кодекса РФ:

Для всех случаев определения размера средней заработной платы (среднего заработка), предусмотренных настоящим Кодексом, устанавливается единый порядок ее исчисления.

Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 «Об особенностях порядка исчисления средней заработной платы» не предусмотрено включение оплаты за дополнительную работу (исполнение обязанностей временно отсутствующего работника) в средний заработок по должности.