Как получить официальный отказ и дальнейшее судебное разбирательство?

Здравствуйте Айдар! 

В вашем случае целесообразно написать рапорт на начальника об оплате командировочных расходов. Согласно пункту 122 Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации, утвержденного Приказом Министра обороны Российской Федерации от 30 декабря 2011 г. № 2700

возмещение суточных расходов, связанных со служебными командировками, военнослужащим за счет средств федерального бюджета осуществляется в размере 300 рублей за каждый день нахождения в служебной командировке.

Возмещение суточных расходов военнослужащим, в отношении которых продовольственное обеспечение осуществляется в форме организации питания по месту служебной командировки за счет средств федерального бюджета, осуществляется в размере 100 рублей за каждый день нахождения в служебной командировке.

Таким образом, написав рапорт вам должен быть предоставлен официальный отказ  в выплате командировочных расходов, который в дальнейшем может быть обжалован Вами в судебном порядке.

Здравствуйте, Айдар! 

В данном случае, в соответствии с приказом Министра обороны РФ от 6 декабря 2019 г. № 727 «Об определении Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации и предоставления им и членам их семей отдельных выплат»

55. Военнослужащим по контракту за период непосредственного участия в учениях, походах кораблей, в отработке задач боевой и учебно-боевой подготовки в полевых условиях, в других мероприятиях вне пункта постоянной дислокации воинской части выплачивается надбавка за риск в размере 2 процентов оклада по воинской должности за каждый день участия в указанных мероприятиях, но не более 60 процентов оклада по воинской должности в месяц.

Далее, 

142. Не считаются служебными командировками и не включаются при планировании служебных командировок на календарный год поездки военнослужащих:

8) принимающих в составе воинских частей (подразделений, в том числе сводных подразделений) непосредственное участие в маневрах, полевых и командно-штабных учениях (играх), походах кораблей, а также в других мероприятиях вне пункта постоянной дислокации воинской части, определенных в пункте 55 настоящего Порядка.

Перечень указанных мероприятий, которые проводятся вне пункта постоянной дислокации дополнительно устанавливается приказом МО РФ.

Соответственно, выплата командировочных расходов в Вашем случае не положена, обжаловать решение не вижу смысла, только испортите отношения с командованием.

Если у Вас будут дополнительные вопросы, задавайте.

С уважением!