Здравствуйте, если материнский капитал за второго ребенка, отцом которого Ваш бывший муж не является, то конечно он не будет иметь доли.
Если материнский капитал за ребенка отцом которого он является, то его доля будет в соотношении с суммой его доли в материнском капитале.
p.s. Вы можете обратиться ко мне в чат для развернутой подробной консультации с изучением материалов по Вашему вопросу, правового анализа ситуации, в том числе имеющих рисков, а также для составления юридических документов на платной основе.
С Уважением, юрист Малышева Светлана Игоревна!