Здравствуйте, Василий!
Приобретать жилые помещения за мат. капитал у своих родственников законом не запрещено.
Поскольку в данном случае, выкупив долю своей матери, Вы, Ваша супруга и дети становитесь единственными собственниками жилого помещения, то такая сделка с использованием средств мат. капитала также не противоречит закону (ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»).
Заключайте с матерью договор купли-продажи и обращайтесь в ПФР с заявлением о распоряжении средствами мат. капитала.