Добрый день, Эдуард!
Среди оснований увольнения нет такого основания, как непрохождение медицинской комиссии в установленный срок. По данному основанию уволить вас не могут.
В случае, если вы злоупотребите сроками прохождения мед. комиссии, работодатель вправе запросить у вас письменные объяснения о причинах. При неуважительности причин, работодатель может посчитать это прогулом, что может случить основанием для увольнения.
Да, пройти мед. комиссию вы можете и даже должны, т.к. до момента ее прохождения вы не сможете вернуться к работе.
статья 76 Трудового кодекса
Работодатель отстраняет от работы (не допускает к работе) работника на весь период времени до устранения обстоятельств, явившихся основанием для отстранения от работы или недопущения к работе