Здравствуйте.
В соответствии с сегодняшней редакцией статьи 20 ФЗ «Об ООО»
В течение трех рабочих дней после принятия обществом решения об уменьшении его уставного капитала общество обязано сообщить о таком решении в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, и дважды с периодичностью один раз в месяц опубликовать в органе печати, в котором публикуются данные о государственной регистрации юридических лиц, уведомление об уменьшении его уставного капитала.
Старая редакция предусматривала «выжидание» после последней публикации 30-дневного срока. Законодатель исправил редакцию именно из-за того, что возникал указанный Вами вопрос.
Иначе говоря, после размещения второй публикации ждать не надо. Можно подавать заявление по форме 13.
Удачи.