Может ли УФНС подать в суд для взыскания пени после закрытия ИП?

Павел, здравствуйте. Действия налоговой неправомерны. В соответствии со статьей 196 ГК РФ общий срок исковой давности составляет 3 года. Частью 2 статьи 199 ГК РФ установлено, что исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения. Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске. 

Следовательно нужно подать заявление в суд о пропуске истцом срока исковой давности, и об отказе в удовлетворении заявленных исковых требований в полном объеме

Добрый день, чтобы сказать правомерно действия налогового органа, необходимо смотреть само исковое заявление,  в связи с тем, что  если налоговый орган в заявлении ссылается на приказ ФНС  о признании суммы подлежащей ко взысканию безнадёжной, то  тогда госорган действует в Ваших интересах. НК РФ  не установлено право налогового органа самостоятельно списывать имеющуюся задолженность, которой больше трех лет, в этом случае обращаются в суд с иском, указывают, что прошли сроки на принудительное взыскание, просят восстановить эти сроки, суд отказывает в удовлетворении заявленных требований и после вступления решения суда налоговый орган признает задолженность безнадёжно ко взысканию и ее списывает. Смотрите чем мотивирован иск.