Добрый день.
Делать отметки в УПД о повреждении товара, о поставке товара ненадлежащего качества - допустимо.
Для этого можно дополнить форму УПД соответствующими дополнительными реквизитами, что разрешается (Письмо ФНС России от 23.12.2015 № ЕД-4-15/22619).
Либо в момент приемки составить отдельный акт (о повреждении, о выявлении брака/дефектов и т.п.), а в УПД в графе [17] «Иные сведения о получении, приемке» указать:
— «Товар поврежден, составлен акт № ___ от ___»
— или «Товар ненадлежащего качества, составлен акт № ___ от ___».