Добрый день. Будучи гражданином РФ Вы вправе открыть ИП в РФ вне зависимости от времени нахождения за пределами РФ. По открытию ИП в Японии необходимо определяться допускает ли Ваша виза вести предпринимательскую деятельность в Японии. Кроме того очень важным моментом будет проработка оптимальной налоговой схемы Вашей деятельности, с учетом Конвенции между Правительством Российской Федерации и Правительством Японии об устранении двойного налогообложения в отношении налогов на доходы и о предотвращении избежания и уклонения от уплаты налогов, дабы уйти от двойного налогообложения Ваших доходов.
Все это очень серьезные и обширные вопросы, которые требуют детальной проработки, во избежание как негативных последствий с налогами, так и рисков депортации за нарушение правил пребывания по выданной визе.
При необходимости детального разбора вопроса можете писать в чат (кнопочка рядом с фото юриста) для индивидуальной консультации (платно) .
С уважением Евгений Беляев