Как возразить и на какие нормы сослаться в суде?

Здравствуйте, Юлина! Начало было правильное, дальше ошиблись.

Подали жалобу в военную прокуратуру, они нарушили срок разбирательства из-за чего я пропустил срок 3 месяца для обращения в суд.

Юлина

Поскольку  вы принимали меры к обжалованию, после ответа прокурора можно было обжаловать ответ прокурора в суд (если не в Вашу пользу) или вышестоящему прокурору.

Не вижу пропуска срока, т.к. ФКУ, я так понимаю, финансовый орган — не является для Вас администратором и рассмотрение дела подлежит в порядке гражданского иска, а не административного.

КАС РФ статья 1:

1. Настоящий Кодекс регулирует порядок осуществления административного судопроизводства при рассмотрении и разрешении Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции, мировыми судьями (далее также — суды) административных дел о защите нарушенных или оспариваемых прав, свобод и законных интересов граждан, прав и законных интересов организаций, а также других административных дел,возникающих из административных и иных публичных правоотношений и связанных с осуществлением судебного контроля за законностью и обоснованностью осуществления государственных или иных публичных полномочий.

А ГПК (Вы должны были подать гражданский иск в соответствии с ГПК РФ):

Статья 2. Задачи гражданского судопроизводства
 
Задачами гражданского судопроизводства являются правильное и своевременное рассмотрение и разрешение гражданских дел в целях защиты нарушенных или оспариваемых прав, свобод и законных интересов граждан, организаций, прав и интересов Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований, других лиц, являющихся субъектами гражданских, трудовых или иных правоотношений.

И ка бы то гни было, срок не пропущен, поскольку вы обжаловали действия ФКУ в досудебном порядке.