Могут ди меня уволить по первому основанию если в часть придет такое заключение ввк?

На этот момент и обращает внимание судебная практика, в частности, 

Апелляционное определение Апелляционной коллегии Верховного Суда РФ от 21.07.2015 N АПЛ15-285

Согласно п. 11 ст. 34 Положения о порядке прохождения военной службы при наличии у военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, нескольких оснований для увольнения с военной службы он увольняется по избранному им основанию (за исключением случаев, когда увольнение производится по основаниям, предусмотренным подп. «д», «д.1», «д.2», «е», «е.1» и «з» п. 1 и подп. «в», «д», «е.1» и «е.2» п. 2 ст. 51 Федерального закона от 28 марта 1998 г. N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» (далее — Федеральный закон «О воинской обязанности и военной службе»).
Решением Верховного Суда Российской Федерации от 12 мая 2015 г. в удовлетворении заявления отказано.
При этом в п. 11 ст. 34 Положения дополнительно установлено, что при наличии у военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, нескольких оснований для увольнения с военной службы он увольняется по избранному им основанию, за исключением случаев, когда увольнение связано с его виновными действиями, в том числе в связи с невыполнением условий контракта.
При таких данных суд пришел к правильному выводу о том, что оспариваемая норма, вопреки утверждению в жалобе, не устанавливает ограничения, а закрепляет дополнительную гарантию защиты прав увольняемых военнослужащих посредством установления для них возможности самостоятельного выбора основания увольнения в том случае, если оно не связано с виновными действиями военнослужащих.
Что касается положения подп. «в» п. 1 ст. 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе», согласно которому военнослужащий подлежит увольнению с военной службы по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе, то оно указывает на невозможность нахождения военнослужащего на военной службе по состоянию здоровья и само по себе не устанавливает ограничения на его увольнение по другим основаниям.

Как видите признание Вас не годным к военной службе не является препятствием для увольнения с военной службы в связи с лишением Вас допуска к государственной тайне, а следовательно увольнение по данному (первому) основанию будет законным, несмотря на решение ВВК.