Здравствуйте.
Исходя из практики, иногда помогает прием у руководителя ИФНС — в том случае, если Вы действительно сдавали уведомление о переходе на УСН, это отражено в журналах входящих документов
Другим вариантом может быть решение вопроса в судебном порядке, но тут ключевое значение будет иметь как долго Вы сдавали отчетность по УСН, и оплачивался налог (по УСН), принималась ли отчетность налоговым органом.
В судебной практике сформировалась позиция
Поскольку переход на упрощенную систему налогообложения при соблюдении установленных статьями 346.11 — 346.13 Кодекса условий осуществляется организациями и индивидуальными предпринимателями добровольно, отсутствие заявления налогоплательщика о переходе на эту систему налогообложения, при совершении иных действий, свидетельствующих о применении данной системы с момента государственной регистрации юридического лица, не влечет запрета в применении спорной системы налогообложения и возникновение обязанностей по представлению налоговых деклараций по налогам, подлежащим уплате по общей системе налогообложения.
Аналогично и для ИП.
С уважением