Как уменьшить налог на ндс и прибыль, если ООО вообще деятельности не вело?

Здравствуйте Евгения!

Из содержания Вашего вопроса усматривается, что ООО является действующей организацией, а недоимки по НП и НДС были выявлены при проведении процедур добровольной ликвидации, в связи с чем необходимо понимать, что при взыскании недоимок по налогам и сборам налоговая выставляет Требования об их оплате и выносит Решения о привлечении ООО к налоговой ответственности, которые ООО может оспаривать сначала в вышестоящую налоговую, а затем и в Арбитражный суд в порядке административного судопроизводства (нормативное обоснование — ниже по тексту) — возможно Вам удастся оспорить эти Требования (Решения).

Также необходимо мониторить «Картотеку Арбитражных Дел»  http://kad.arbitr.ru/ и смотреть нет ли исков от налоговой к Вашему ООО о принудительном взыскании этих налогов (для этого в графе «Участник дела» также необходимо указать ИНН вашей организации) — если такие иски есть — участвовать в судебном процессе и возражать против их взыскания (требовать уменьшения)

Вместе с тем необходимо понимать нет ли сейчас в Вестнике Государственной регистрации публикации о предстоящей ликвидации Вашего ООО как недействующего юрлица для этого надо указать ИНН организации на сайте налоговой: https://pb.nalog.ru/

В заключении отмечу, что если Вы установили факт наличия недоимки по налогам, но денег на счетах у ООО нет — у руководителя (участника) такого ООО существует обязанность по подаче заявления о  банкротстве ООО в Арбитраж, В рамках процедуры банкротства ООО также не лишено оспаривать требования налоговой при проверке арбитражным судом обоснованности требований налоговой. Однако если такая обязанность выполнена не была у налоговой есть право по привлечению руководителя (участника) такого ООО к субсидиарной ответственности, но это уже отдельная тема. 

Теперь нормативное обоснование:

Статья 138 Налогового кодекса Порядок обжалования
1. Акты налоговых органов ненормативного характера, действия или бездействие их должностных лиц могут быть обжалованы в вышестоящий налоговый орган и (или) в суд в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом и соответствующим процессуальным законодательством Российской Федерации.
Статья 139 НК РФ Порядок и сроки подачи жалобы
2. Жалоба в вышестоящий налоговый орган может быть подана, если иное не установлено настоящим Кодексом, в течение одного года со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своих прав.
Жалоба на вступившее в силу решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения или решение об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения, которое не было обжаловано в апелляционном порядке, может быть подана в течение одного года со дня вынесения обжалуемого решения.

ст. 21.1. Закона о государственной регистрации юридических лиц

1. Юридическое лицо, которое в течение последних двенадцати месяцев, предшествующих моменту принятия регистрирующим органом соответствующего решения, не представляло документы отчетности, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, и не осуществляло операций хотя бы по одному банковскому счету, признается фактически прекратившим свою деятельность (далее — недействующее юридическое лицо). Такое юридическое лицо может быть исключено из единого государственного реестра юридических лиц в порядке, предусмотренном настоящим Федеральным законом.
3. Решение о предстоящем исключении должно быть опубликовано в органах печати, в которых публикуются данные о государственной регистрации юридического лица, в течение трех дней с момента принятия такого решения. Одновременно с решением о предстоящем исключении должны быть опубликованы сведения о порядке и сроках направления заявлений недействующим юридическим лицом, кредиторами или иными лицами, чьи права и законные интересы затрагиваются в связи с исключением недействующего юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц (далее — заявления), с указанием адреса, по которому могут быть направлены заявления.

Статья 9 Закона о банкротстве

3. В случае, если при проведении ликвидации юридическое лицо стало отвечать признакам неплатежеспособности и (или) признакам недостаточности имущества, ликвидационная комиссия должника обязана обратиться в арбитражный суд с заявлением должника в течение десяти дней с момента выявления каких-либо из указанных признаков.

ст. 61.12. Закона о банкротстве

1. Неисполнение обязанности по подаче заявления должника в арбитражный суд (созыву заседания для принятия решения об обращении в арбитражный суд с заявлением должника или принятию такого решения) в случаях и в срок, которые установлены статьей 9 настоящего Федерального закона, влечет за собой субсидиарную ответственность лиц, на которых настоящим Федеральным законом возложена обязанность по созыву заседания для принятия решения о подаче заявления должника в арбитражный суд, и (или) принятию такого решения, и (или) подаче данного заявления в арбитражный суд.