Ирина, здравствуйте.
Да, при передаче арендодателю арендованного имущества и вместе с ним неотделимых улучшений, которые были оплачены арендатором, возникает объект налогообложения по НДС при условии, что арендатор на ОСНО. Это следует из норм НК РФ в частности из п. 1 ст. 39 НК РФ следует, что реализацией товаров, работ, услуг является передача на возмездной основе права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных Налоговым кодексом РФ, — на безвозмездной основе. Согласно пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения по НДС признаются в том числе операции по реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав). Передача права собственности на товары, результатов выполненных работ, оказание услуг на безвозмездной основе также являются реализацией товаров (работ, услуг).
Данная позиция подтверждается судебными актами, например п.26 Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33, Постановление Арбитражного суда Центрального округа от 27.11.2018 N Ф10-4865/2018 по делу N А09-6981/2017, Постановление Арбитражного суда Северо-Западного округа от 01.02.2018 N Ф07-16892/2017 по делу N А56-7434/2017 и др.
Письмами Минфина РФ: Письмо Минфина России от 30.01.2019 N 03-07-11/5280, Письмо Минфина России от 17.12.2015 N 03-07-11/74085.
Хотя есть и пара судебных решений в пользу того, что НДС начислять не нужно: Постановление Арбитражного суда Московского округа от 12.01.2016 N Ф05-18582/2015 по делу N А40-47957/2013, Постановление Арбитражного суда Московского округа от 19.03.2015 N Ф05-2035/2015 по делу N А40-54344/14.
Но таких решений намного меньше чем отрицательных, так что я бы на вашем месте на них не рассчитывал. Подрядчик работает без НДС?
с ндс работает. Вопрос если мы пролонгируем договор аренды, избежим ли эту безвозмездную передачу
Избежите, ровно до момента расторжения договора и передачи арендуемого имущества обратно арендодателю. т.к. это и будет момент передачи неотделимых улучшений.