Куда лучше обратиться после отказа в альтернативной службе из-за пропуска сроков подачи заявления?

Здравствуйте, получил отказ от призывной комиссии по поводу альтернативной службы из-за пропуска сроков подачи заявления. Куда лучше обращаться? Писать жалобу в прокуратору или подавать иск в суд? В военкомате сказали, что лучше писать жалобу, но не в вышестоящий военкомат, а в суд. Но насколько я знаю в суд подаётся заявление или иск, а жалоба в апелляционный суд только или в отношении судьи. А если подать жалобу в прокуратуру повестка на отбытие в войска отмениться?И будет ли суд после рассмотрения жалобы в прокуратуре? Посоветуйте, пожалуйста, как мне поступить.