Что грозит, если не сдали промежуточный ликвидационный баланс в ФНС?

Вам надо составить промежуточный ликвидационный баланс (он не может быть по нулям, хотя бы потомучто у вас на этом этапе в нем как минимум должен отражаться уставной капитал).

ПЛБ утверждаете решением/протоколом собрания участников и с новой формой 15001 подаете в налоговую. При заполнении формы вы уже ставите галочку на титульном листе не на пунктах 2.1 и 2.2 (как вы это делали при уведомлении налоговой), а на пункте 2.3 (составление промежуточного ликвидационного баланса). 

Далее уже составляете ликвидационный баланс (там все должно быть по нулям, даже уставной капитал). Сделать это можно хоть на следующий день после составления ПЛБ.

Утверждаете его решением/протоколом общего собрания участников.

Оплачиваете госпошлину за регистрацию ликвидации ЮЛ

Заполняете форму 16001.

Нужно ли организации, которая находится в процессе ликвидации сдавать нулевую отчетность в ФСС, ПФР?

Конечно нужно, после того как вы подаете в налоговую форму 16001, налоговая проверяет нет ли у вас задолженности перед бюджетом, в том числе штрафов и  т.д. Если где-то вылезет хоть копейка, будет отказ. Опять будете заново оформлять форму 16001 и платить пошлину. 

Поэтому перед тем как подавать в налоговую необходимо еще раз везде удостовериться, что нет долгов.

И есть ли какие-нибудь сроки, в которые нужно уложиться для утверждения промежуточного ликвид.баланса и ликвид.баланса?

Нет, но сама ликвидация должна быть проведена в срок не более 1 года

Статья 57 ФЗ об ООО
6. Срок ликвидации общества, установленный его участниками или органом, принявшим решение о ликвидации общества, не может превышать один год, а в случае, если ликвидация общества не может быть завершена в указанный срок, этот срок может быть продлен в судебном порядке, но не более чем на шесть месяцев.
(п. 6 введен Федеральным законом от 28.12.2016 N 488-ФЗ)