В приведённой ситуации есть признаки состава преступления, предусмотренного ст. 158 УК РФ «Кража», или правонарушения, предусмотренного ст. 7.27 КоАП РФ «Мелкое хищение», если стоимость микроволновки составляет не более 2500 рублей.
Также следует помнить, что комната в общежитии — жилое помещение, неприкосновенность которого охраняется законом (ст. 3 и ст. 94 ЖК РФ). Без вашего разрешения (разрешения ваших соседей по комнате) в него не имеют право проникать. По договору найма жилого помещения у вас может быть обязанность предоставлять его для осмотра, но это не означает что в него могут вторгаться без законных на то оснований (ч. 3 ст. 3 ЖК РФ). Ваш отказ может служить лишь основанием для расторжения договора найма жилого помещения в судебном порядке.
Вы можете вызвать полицию и написать заявление по поводу хищения вашего имущества. Если вы не хотите вызывать полицию или привлекать иные органы, то пишите жалобу на имя руководителя общежития и (или) учебного заведения о недопустимости данных действий.