Добрый день Сергей!
После дарения было 6/40, потом он продал 9/40, то есть больше, чем владел. В итоге он отчудил получается квартиру полностью. Отчуждение 3/40 было лишним и его можно считать недействительным. Недействительность одного из условий договора не влечет недействительность договора в целом.
Так же отмечу принцип регистрации прав: Государственная регистрация права в Едином государственном реестре недвижимости является единственным доказательством существования зарегистрированного права. Зарегистрированное в Едином государственном реестре недвижимости право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке (пункт 5 статьи 1 ФЗ «О регистрации»).
Зарегистрированное право действительно, и оно может быть оспорено только в суде. На основании изложенного, вижу, что если нет других причин для признания права собственности недействительным, указанное право действительно и с ним возможно проведение сделок, предусмотренных законодательством.