Какие варианты решения этой ситуации могут быть?

Здравствуйте Сергей.

благополучно подали документы в мфц для замены паспорта
На что на отвечали что запроса не было и если бы он пришел, им бы сразу отправили ответ. 

Порядок регулируется согласно Приказу

от 13 ноября 2017 года N 851

Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации

27. Срок предоставления государственной услуги не должен превышать:

27.1. 10 дней со дня приема всех необходимых документов

36. Заявление о выдаче (замене) паспорта заполняется рукописным, или машинописным способом,…
В соответствующих пунктах указывается:

36.3. В пункте 7 — адрес места жительства (при наличии регистрации по месту жительства) и (или) адрес места регистрации по месту пребывания (при наличии).

Датой приема заявления о выдаче (замене) паспорта при обращении гражданина в многофункциональный центр считается день приема подразделением по вопросам миграции заявления с приложением предусмотренных пунктами 30-34 Административного регламента (в зависимости от оснований выдачи или замены паспорта) надлежащим образом оформленных документов.

http://docs.cntd.ru/document/5...

Т.е. если указанный срок был нарушен, Вы уже вправе обратиться с жалобой в порядке также предусмотренном этим эе административным регламентом.

Порядок регулируется согласно Приказу

от 13 ноября 2017 года N 851

Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации

     Административный регламент Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации

V. Досудебный (внесудебный) порядок обжалования решений и действий (бездействия) федерального органа исполнительной власти, предоставляющего государственную услугу, а также их должностных лиц

http://docs.cntd.ru/document/5...

Либо онлайн по ссылке:https://77.xn--b1aew.xn--p1ai/...

В это ситуации есть усложняющий момент, ещё в детстве у жены сгорел дом в котором она была прописана, а в месте с домом сгорели документы собственности на этот дом.

В случае если возникнет проблема с подтверждением постоянного проживания, то здесь необходимо будет обратиться в суд и установить юридический факт постоянного проживания, решение суда и будет являться таким подтверждающим этот факт документом.

ГПК РФ Статья 264. Дела об установлении фактов, имеющих юридическое значение
 

1. Суд устанавливает факты, от которых зависит возникновение, изменение, прекращение личных или имущественных прав граждан, организаций.

ГПК РФ Статья 265. Условия, необходимые для установления фактов, имеющих юридическое значение
 

Суд устанавливает факты, имеющие юридическое значение, только при невозможности получения заявителем в ином порядке надлежащих документов, удостоверяющих эти факты, или при невозможности восстановления утраченных документов.

ГПК РФ Статья 268. Решение суда относительно заявления об установлении факта, имеющего юридическое значение
 

Решение суда по заявлению об установлении факта, имеющего юридическое значение, является документом, подтверждающим факт, имеющий юридическое значение, а в отношении факта, подлежащего регистрации, служит основанием для такой регистрации, но не заменяет собой документы, выдаваемые органами, осуществляющими регистрацию.

Пример решения суда по ссылке:https://sudact.ru/regular/doc/...

Здравствуйте, Сергей. 

В связи с этим выходит вопрос, какие варианты решения этой ситуации могут быть?

вероятно вопрос у вас  по регистрации в паспорте? или все же по документам на дом?

Если по паспорту, то 

На что на отвечали что запроса не было и если бы он пришел, им бы сразу отправили ответ. 

возможно что запрос и не пришел по месту назначения.

Согласно Постановление Правительства РФ от 08.07.1997 N 828  «Об утверждении Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, образца бланка и описания паспорта гражданина Российской Федерации»I. Общие положения 

5. В паспорте производятся отметки: о регистрации гражданина по месту жительства и снятии его с регистрационного учета — соответствующими органами регистрационного учета либо уполномоченными должностными лицами многофункциональных центров предоставления государственных и муниципальных услуг;

Таким образом, если регистрация имелась в прежнем паспорте супруги, а в новом по какой либо причине (вероятно, потому что ответ на запрос не поступил, и они решили вам выдать паспорт, что бы не нарушать срок в 30 дней) штамп отсутствует вам нужно обратиться письменно в  ГУВМ МВД., где вы получили паспорт с требованием проставить штамп о регистрации. После получения ответа, если он вас не удовлетворит придется обращаться в суд на действия  ГУВМ МВД.. 

К тому же, в вашем случае в виду отсутствия данных о регистрации в паспорте супруги, она может быть привлечена к ответственности согласно «Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях» от 30.12.2001 N 195-ФЗ

КоАП РФ Статья 19.15.1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации

1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации либо допущение такого проживания нанимателем или собственником этого жилого помещения свыше установленных законом сроков -

влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на нанимателей, собственников жилого помещения (физических лиц) — от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на юридических лиц — от двухсот пятидесяти тысяч до семисот пятидесяти тысяч рублей.