Добрый день!
Если экспертиза проводится в рамках уголовного дела, то все ходатайства о несогласии с ней можно указать в протоколе ознакомления, в порядке:
УПК РФ Статья 198. Права подозреваемого, обвиняемого, потерпевшего, свидетеля при назначении и производстве судебной экспертизы
6) знакомиться с заключением эксперта или сообщением о невозможности дать заключение, а также с протоколом допроса эксперта.
Если экспертиза проводится в порядке доследственной проверки, в соответствии со ст. 144-145 УПК РФ, то вы можете подать возражения на экспертизу после того, как получите уведомление о принятом решении по материалу проверки:
2. О принятом решении сообщается заявителю. При этом заявителю разъясняются его право обжаловать данное решение и порядок обжалования.
Надеюсь мой ответ помог Вам. При необходимости обращайтесь. С уважением!