Здравствуйте, Руслан!
Единственное, на Вас как на военнослужащего МЧС может условно распространяться Устав внутренней службы, если в данной области нет особого нормативно-правового акта.
Общевоинский Устав ВС РФ:
60. Военнослужащие представляются своим непосредственным начальникам в случаях:
убытия в командировку, на лечение или в отпуск и по возвращении.
95. Кроме того, командир полка ежедневно отдает письменные приказы по строевой части, а по мере необходимости — по боевой подготовке и другим вопросам. Приказы подписываются командиром полка и начальником штаба.
В общем, по возвращению из отпуска и по представлению начальнику Вас должны были включить в приказ. Формально, Вы выполнили свои обязанности военнослужащего и засвидетельствовали свое прибытие из отпуска.
Конкретных дат, когда военнослужащий обязан сдать отпускной билет в кадровое подразделение нет. Поэтому, оснований для привлечения Вас к ответственности не вижу.
Например, в Приказе МЧС РФ от 3 ноября 2011 г. N 668 «Об утверждении Инструкции о порядке применения Положения о службе в органах внутренних дел Российской Федерации в системе Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий» (с изменениями и дополнениями) сказано, что:
По возвращении из отпуска сотрудники сдают в кадровое подразделение отпускные удостоверения, либо их копии (с отметками о дне их прибытия и убытия из организации МЧС России, санатория, дома отдыха или населенного пункта по месту проведения отпуска).
Но, данный нормативно-правовой акт издан не для военнослужащих и к тому же, в нем не указано конкретных дат.
И что именно Вам хотят вменить? Грубый дисциплинраный проступок?
ФЗ «О статусе военнослужащих» статья 28.5:
2. По своему характеру грубыми являются следующие дисциплинарные проступки:
неявка в срок без уважительных причин на службу при увольнении из расположения воинской части или с корабля на берег, при назначении, переводе, а также из командировки, отпуска или медицинской организации;
Но, в данном случае опять не вижу оснований, так как Вы доложили о своем прибытии и этому есть свидетели. Поэтому, можете написать объяснительную, сославшись на данное положение Устава.
При необходимости, Вы можете обжаловать действия должностных лиц.