Добрый день Наталья!
По всей видимости в рассматриваемой ситуации семейный капитал использовался для ИЖС.
Исходя из действующего земельного законодательства все прочно связанные с земельными участками объекты следуют судьбе земельных участков (подпункт 5 пункта 1 статьи 1 Земельного кодекса РФ). Учитывая данную правовую норму, полагаю, что нотариус просто откажется совершать нотариальное действие в случае, если Вы будете выделять доли детям в отношении дома без выделения долей на земельный участок. А в случае если согласится, то не факт, что Росреестр не приостановит государственную регистрацию соответствующей операции с недвижимостью.
Необходимо также отметить, что безусловное (без решения суда) исполнение упомянутого Вами обязательства практически не обеспечено никакими правовыми механизмами и по сути своей является формальностью для предоставления в ПФР с целью принятия им решения о распоряжении средствами семейного капитала. В этой связи распространенной ситуацией являются случаи, когда долевая недвижимость детям не выделяются в принципе.