Можно все обязательства одного должника в собрать в одном иске и рассчитать сумму процентов по каждому обязательству в отдельности. Госпошлина рассчитывается от суммы требований. Если требования только по процентам, то и сумма госпошлины соответствующая.
Из п. 1 ст. 395 ГК РФ и Постановления Пленума Верховного Суда РФ N 13, Пленума ВАС РФ N 14 от 08.10.1998 «О практике применения положений Гражданского кодекса Российской Федерации о процентах за пользование чужими денежными средствами» следует, что при расчете процентов за пользование чужими денежными средствами ко всему периоду просрочки платежа подлежит применению только одна ставка рефинансирования, действующая на день предъявления иска или на день вынесения решения судом, наиболее близкая по значению к учетным ставкам, существовавшим в течение всего периода просрочки платежа.
Индексация производится только взысканных судом денежных сумм на день исполнения решения суда. То есть сначала надо взыскать, затем проиндексировать. Если Вы не заморочите суд расчетами, а сами все сделаете для разрешения этих вопросов судом, то можно в одном иске также отдельно по каждому требованию.
Предусмотренная ст. 208 ГПК РФ индексация присужденных судом денежных сумм производится с момента принятия решения суда до его фактического исполнения, она выступает в качестве механизма, позволяющего возместить потери взыскателя в период исполнения судебного решения, не является мерой гражданской или иной ответственности, в связи с чем исполнение ответчиком решения суда в срок, не освобождает должника от обязанности выплатить присужденные денежные средства с учетом индексации за весь период неисполнения решения суда.