Здравствуйте Денис!
Согласно ст. 5 Указа Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 «Вопросы прохождения военной службы» Ваше заявление на поступление на военную службу по контракту может быть возвращено при вынесении в отношении Вас обвинительного приговора и назначении наказания, ведении в отношении Вас дознания, предварительного следствия или передаче уголовного дела в суд, а также при наличии у Вас неснятой или непогашенной судимости за совершение преступления.
Таким образом, если у Вас дело прекращено за примирением сторон Вы имеете законное право обратиться с заявлением на заключение с Вами контракта на прохождение военной службы и не опасаться отказа.
С Уважением, юрист Кучин В.В.