Здравствуйте, Анна. За пени отключать электроэнергию права не имеют, но скорее всего из средств, направленных на погашение основного долга были погашены сначала пени, а потом оставшаяся сумма пошла на погашение основного долга, следовательно долг погашен не в полном размере. Вам в назначении платежа следовало указать «основной долг за… период». Пишите претензию энергоснабжающей компании, если не поможет, придется обращаться в суд.
Также имеет значение очередность оплаты, указанная в договоре.
В Определении ВАС РФ от 30.09.2010 № ВАС-12907/10 сделан вывод: диспозитивная конструкция ст. 319 ГК РФ предполагает возможность для сторон изменить порядок погашения требований, установленный рамками данной статьи. Кредитор не вправе предусмотреть в договоре направление поступающих от должника средств в первую очередь на погашение неустоек, поскольку неустойка по своей правовой природе не относится к денежному обязательству, а является санкцией (мерой ответственности) за ненадлежащее исполнение денежного обязательства.