Александр, добрый день. Действия аукционной комиссии по отклонению заявки правомерны, поскольку выписка из ЕГРИП является составной частью заявки на участие в аукционе и ее непредставление является основанием для отклонения заявки.
Согласно части 6 статьи 69 Федерального закона от 05.04.2013 N 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» (далее – Закон о контрактной системе)
заявка на участие в электронном аукционе признается не соответствующей требованиям, установленным документацией о таком аукционе, в случае:
1) непредставления документов и информации, которые предусмотрены пунктами 1, 3 — 5, 7 и 8 части 2 статьи 62, частями 3 и 5 статьи 66 настоящего Федерального закона, несоответствия указанных документов и информации требованиям, установленным документацией о таком аукционе, наличия в указанных документах недостоверной информации об участнике такого аукциона на дату и время окончания срока подачи заявок на участие в таком аукционе;
2) несоответствия участника такого аукциона требованиям, установленным в соответствии с частью 1, частями 1.1, 2 и 2.1 (при наличии таких требований) статьи 31 настоящего Федерального закона.
По смыслу вышеуказанных норм закона о контрактной системе признание заявки участника закупки не соответствующей требованиям, установленным документацией об аукционе в связи с непредставлением выписки из ЕГРИП (пункт 4 части 2 статьи 62 Федерального закона о контрактной системе) возможно исключительно при рассмотрении аукционной (единой) комиссией заказчика, уполномоченного органа вторых частей заявок на участие в аукционе.
В качестве примера Решение Рязанского УФАС России: https://br.fas.gov.ru/to/ryazanskoe-ufas-rossii/429-03-2-2018/