Здравствуйте Владимир!
Ситуация парадоксальная. Снять бывшую супругу с регистрационного учета вы можете, если жилье находится в вашей собственности.
В ч. 2 ст. 20 ГК РФ записано:
2. Местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет, или граждан, находящихся под опекой, признается место жительства их законных представителей — родителей, усыновителей или опекунов.
Таким образом, как я понимаю, место жительства ваших детей (с матерью) не совпадает с местом их регистрации (у вас, то есть у отца). В этом случае, дети сохраняют у вас право проживания, но без матери. Кроме того, у вас существуют ограничения на реализацию квартиры. Вы должны будете обеспечить несовершеннолетних жильем.