Добрый день Иван!
Из существа Вашего вопроса следует, что сведения о том, что физическое лицо является единоличным исполнительным органом юридического лица были внесены установленным порядком в ЕГРЮЛ. Между тем, данное лицо одновременно с этим имело статус индивидуального предпринимателя.
В силу п. 1 ст. 23 гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя, за исключением случаев, предусмотренных абзацем вторым настоящего пункта. Гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя, за исключением случаев, предусмотренных абзацем вторым настоящего пункта.
То обстоятельство, что исключены сведения из ЕГРЮЛ о юридическом лице в связи с недостоверностью, не должно создавать никаких негативных последствий для деятельности ИП, даже в том случае, если он являлся ЕИО исключенной из ЕГРЮЛ организации.