Добрый вечер! Да, договор не получится продлить или заключить новый, вам скорее всего откажут.
ЗК РФ Статья 39.6. Случаи предоставления земельных участков, находящихся в государственной или муниципальной собственности, в аренду на торгах и без проведения торгов
2. Договор аренды земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности, заключается без проведения торгов в случае предоставления:
10) земельного участка, на котором расположены объекты незавершенного строительства, однократно для завершения их строительства собственникам объектов незавершенного строительства в случаях, предусмотренных пунктом 5 настоящей статьи;
5. Предоставление в аренду без проведения торгов земельного участка, который находится в государственной или муниципальной собственности и на котором расположен объект незавершенного строительства, осуществляется однократно для завершения строительства этого объекта:
1) собственнику объекта незавершенного строительства, право собственности на который приобретено по результатам публичных торгов по продаже этого объекта, изъятого у предыдущего собственника в связи с прекращением действия договора аренды земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности;
2) собственнику объекта незавершенного строительства, за исключением указанного в подпункте 1 настоящего пункта, в случае, если уполномоченным органом в течение шести месяцев со дня истечения срока действия ранее заключенного договора аренды земельного участка, на котором расположен этот объект, в суд не заявлено требование об изъятии этого объекта путем продажи с публичных торгов либо судом отказано в удовлетворении данного требования или этот объект не был продан с публичных торгов по причине отсутствия лиц, участвовавших в торгах. Предоставление земельного участка в аренду без аукциона в соответствии с настоящим подпунктом допускается при условии, что такой земельный участок не предоставлялся для завершения строительства этого объекта ни одному из предыдущих собственников этого объекта.
В вашем случае скорее всего опять придется обращаться в суд, поскольку есть объективная причина, почему вам не хватило три года, чтобы достроить дом.
Всего хорошего!