Здравствуйте Анна!
Для начала стоит удостовериться, куда ходил Ваш сын, так как: 1) в военной (и любой другой) прокуратуре нет следователей; 2) у военной прокуратуры нет прямых полномочий на организацию контрольного медицинского освидетельствования.
Допустим, военная прокуратура проводит какие-либо проверочные мероприятия (например вследствие возбуждения уголовного дела в отношении кого-то из сотрудников военкоматов), в рамках которых руководствуясь положениями ФЗ «О прокуратуре» обязала областную призывную комиссию (именно она может организовать контрольное освидетельствование в соответствии с ч. 2 ст. 29 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе») провести контрольное освидетельствование. В этом случае, в соответствии с ч. 4 ст. 52 Закона о воинской обязанности, гражданин, пребывающий в запасе, но изменивший категорию годности на призывную, может быть решением военкомата исключён из запаса и вновь подлежать призыву. Такого решения военкомата ещё не принято, на сколько я понимаю.
Уничтожение личных дел лиц, пребывающих в запасе, происходит через длительное время после зачисления в запас. Точно назвать эти сроки я не могу, но этот срок составляет не менее 1 года, а вероятнее всего 3-5 лет. Если предположить, что дело уже действительно уничтожено, то там нет не только доказательств 3 степени,но и доказательств «покупки».
Поэтому следовать совету неустановленного лица о признании в покупке, разумеется, не стоит. Мягко говоря.
Что ещё говорил «следователь»?
Что делать дальше? Пока ничего, ждать каких-либо действий от военкомата. Если всё действительно так, как Вы описали, то во время призыва следует ожидать повестку о явке на новую медкомиссию или на заседание призывной комиссии. В дальнейшем Вы имеете право обжаловать любые решения призывной комиссии как в областную призывную комиссию, так и в суд.
Кроме того, рекомендовал бы Вашему сыну ходить на все встречи со следователем только с адвокатом, чтобы избежать давления на него при опросах и допросах.