Здравствуйте, Татьяна!
Говоря о том, что вы не можете принять в штат водителя, не имея в организации т/с, думаю, что ваш ревизор имеет ввиду, что впоследствии вы можете столкнуть с проблемами при учёте расходов по ГСМ. Так как скорее всего сам водитель не будет платить за ГСМ, а организация, не имея т/с, не сможет учитывать выданные на ГСМ деньги в расходах.
Вместе с тем, вы можете заключить трудовой договор с работником, приняв его на должность водителя, в свою очередь дополнительно заключив с ним как физлицом договор аренды т/с без экипажа без арендной платы.
Однако, следует учитывать, что безвозмездное пользование автомобилем по договору аренды будет признаваться как внереализационные доходы и учитываться при уплате налога на прибыль, если только вы не применяете специальные налоговые режимы (ЕСХН, УСН, ЕНВД).
Компания признает в доходах безвозмездно полученные имущественные права (п. 8 ст. 250 НК РФ). В том числе право пользования имуществом. Доходы оцените по рыночной стоимости на аналогичный автотранспорт (письмо Минфина России от 17.02.16 № 03-03-06/1/8746).