Если Вы имеете ввиду выплату единовременного денежного пособия при увольнении в связи с выходом на страховую пенсию по старости, то, действительно, так как Ваше образовательное учреждение является федеральным, несмотря на то, что территориально находится в Новосибирске, Вам правомерно отказали. Так как такого рода выплата производится Министерством образования Новосибирской области государственным образовательным организациям Новосибирской области и муниципальным образовательным организациям.
О чем прямо установлено в ПОСТАНОВЛЕНИИ ПРАВИТЕЛЬСТВА НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ от 14 апреля 2014 года N 141-п «О Порядке выплаты единовременного денежного пособия педагогическим работникам государственных образовательных организаций Новосибирской области и муниципальных образовательных организаций при увольнении в связи с выходом на страховую пенсию по старости».
http://docs.cntd.ru/document/4...
То есть, это не федеральная выплата, а региональная.
То есть данного рода выплата предусмотрена для государственного образовательного учреждения, находящегося в ведении субъекта Российской Федерации, либо для муниципальных образовательных организаций
Ваше же образовательное учреждение, по всей видимости, создано Российской Федерацией и, является федеральным государственным образовательным учреждением.