Здравствуйте Александр!
В соответствии со ст. 189 Трудового кодекса РФ:
Дисциплина труда — обязательное для всех работников подчинение правилам поведения, определенным в соответствии с настоящим Кодексом, иными федеральными законами, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором.
Правила внутреннего трудового распорядка — локальный нормативный акт, регламентирующий в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами порядок приема и увольнения работников, основные права, обязанности и ответственность сторон трудового договора, режим работы, время отдыха, применяемые к работникам меры поощрения и взыскания, а также иные вопросы регулирования трудовых отношений у данного работодателя.
Таким образом, если в правилах внутреннего трудового распорядка или в трудовом прописаны положения о возможности изменении работодателем порядка подчиненности, то действия работодателя будут обоснованы.
Так же порядок подчиненности может быть урегулирован внутренним локальным актом (как правило приказ о распределении полномочий между руководителем и его заместителями), в котором прописывается порядок подчиненности как подразделений (отделов) так и отдельных сотрудников.
