Каковы риски при владении долей ООО, на которую оформлена аренда земли в нацпарке?

Есть и их достаточно. Просто в каждом конкретном случае, нужно разбираться отдельно. 

Вот к примеру часть из ваших возможных рисков, согласно ст. 95, «Земельного кодекса Российской Федерации» от 25.10.2001 N 136-ФЗ 

…

В пределах земель особо охраняемых природных территорий изменение целевого назначения земельных участков или прекращение прав на землю для нужд, противоречащих их целевому назначению, не допускается.

…

7. На землях особо охраняемых природных территорий федерального значения запрещаются:

1) предоставление земельных участков для ведения садоводства, огородничества, индивидуального гаражного или индивидуального жилищного строительства;

2) строительство автомобильных дорог, трубопроводов, линий электропередачи и других коммуникаций в границах особо охраняемых природных территорий в случаях, установленных федеральным законом (в случае зонирования особо охраняемой природной территории — в границах ее функциональных зон, режим которых, установленный в соответствии с федеральным законом, запрещает размещение соответствующих объектов), а также строительство и эксплуатация промышленных, хозяйственных и жилых объектов, не связанных с разрешенной на особо охраняемых природных территориях деятельностью в соответствии с федеральными законами;

3) движение и стоянка механических транспортных средств, не связанные с функционированием особо охраняемых природных территорий, прогон скота вне автомобильных дорог;

4) иные виды деятельности, запрещенные федеральными законами.
…

То есть, помимо вышеуказанного, продолжение следует