Можно ли размещать общеобразовательную школу в приспособленном здании

Исходя из содержания документа: 

«Об утверждении СанПиН 2.4.2.2821-10 „Санитарно-эпидемиологические требования к условиям и организации обучения в общеобразовательных учреждениях“
(вместе с „СанПиН 2.4.2.2821-10. Санитарно-эпидемиологические требования к условиям и организации обучения в общеобразовательных организациях. Санитарно-эпидемиологические правила и нормативы“)
(Зарегистрировано в Минюсте России 03.03.2011 N 19993)

Следует, что имеется общие требования непосредственно к зданию. 

У меня в собственности 3-х этажное здание (учебный корпус института, которое в настоящий момент не используется)

Надежда

Если Ваше здание соответствует требованиям раздела 4 данного СанПина, соответственно отказ в выдаче разрешения не обоснован и его требуется обжаловать. 

Если здание не соответствует данным требованиям, соответственно отказ обоснован.  

Немного дополню: 

IX. Требования к помещениям
и оборудованию общеобразовательных организаций, размещенных
в приспособленных зданиях
(в ред. Изменений N 2, утв. Постановлением Главного
государственного санитарного врача РФ от 25.12.2013 N 72)

9.1. Размещение общеобразовательных организаций в приспособленных помещениях возможно на время проведения капитального ремонта (реконструкции) существующих основных зданий общеобразовательных организаций.
(в ред. Изменений N 2, утв. Постановлением Главного государственного санитарного врача РФ от 25.12.2013 N 72)

Данный раздел касается именно временного размещения образовательного помещения в  здании (помещении) отличного от основного к примеру на время ремонта или т.п. То есть предполагается наличие у соискателя лицензии основного здания в котором должен происходить образовательный процесс в штатном режиме. При этом требования к основному зданию приведены в разделе 4 данного СанПина.